כאשר מתכננים בית כנסת חדש, יש לשקול את העיצוב והפונקציונליות של המקלטים. בקהילות שלב א ”היו בתי ־ מקלט גדולים, ואילו בקהילות שלב ב” היו מרחבים חברתיים, חינוכיים ומנהליים גדולים בהרבה. גל בהרשמה לבית ־ ספר דתי דרש כיתות לימוד גדולות. מנהלים, קנטורים ומנהלי המקדש נזקקו גם למשרדים ולמרחבים אחרים כדי לנהל את המוסד. אולם החברה היה זקוק גם למטבח גדול כדי לספק ארוחות לאחווה.
במקדשים, הבימה היא המצע שבו מגילות התורה מוצבות במהלך השירות. הבימה משמשת גם כפודיום למנהיג השירות, בעוד שבתי כנסת מסוימים משתמשים בדוכן נמוך יותר. קטע של נשים יכול להיות ממוקם על מרפסת בקומה העליונה, בחלק האחורי, או בצד של החדר, מופרד על ידי מכת. במהלך השירות אסור לגברים להתפלל בפני נשים.
לבמת בית כנסת יש יתרונות רבים. במה לבית כנסת היא החלק החשוב ביותר בבית הכנסת, ויכולה להעלות את רמת ההתקשרות עם הקהילה. הארון הוא פריט קדוש באמונה היהודית, ובמה מאפשרת לתיבה להיחשב ליראת כבוד. זהו גם מוקד הטקס, והארון משמש להצגת התורה.
היום, כל יהודי יכול לבנות בית כנסת. בתי כנסת נבנו על ־ ידי פטרונים עשירים, מלכים יהודים עתיקים ואפילו מוסדות חינוך חילוניים. בנוסף לשירותים, יש להם תוכניות חברתיות, פנאי ופילנתרופיות. בית-כנסת הוא מוסד דמוקרטי, וחבריו אוטונומיים ומשקפים את הקהילה שבה הוא מתגורר. מסיבה זו, עיצוב בית הכנסת צריך לשקף את תרבות הקהילה.
התנועה הרפורמית השפיעה על מבנה בתי הכנסת. רבני אירופה ביקשו להישאר יהודים תוך השתלבות בתרבות הסובבת אותם. בתי כנסת רפורמיים הם בדרך כלל בעלי תפקיד נרחב יותר בקהילות יהודיות מאשר בעבר. הם כוללים מעון יום, אולם קייטרינג ובית ־ ספר דתי. הם יכולים אפילו לכלול קפלות קטנות יותר לטקסים יומיים. וכל זה עושה את המרחב אפילו יותר מבורך לקהילה.
למרות שהעיצוב של בית כנסת פתוח לציבור, רוב בתי הכנסת מתפקדים גם כבתי לימוד. ספרייה מצוידת היטב של טקסטים קדושים יהודיים מספקת גישה ללימודים וידע ליהודים שומרי מצוות. בנוסף להיותו המרכז הדתי, בית הכנסת הוא גם מקום מפגש חברתי. בנוסף לפעילויות דתיות, בית הכנסת משמש גם כבית עירייה לתושבים המקומיים.
בעוד הארכיטקטורה של בית כנסת מודרני אינה אחידה לחלוטין, ישנם מאפיינים משותפים המצויים ברוב הבניינים. מרכיבים אלה מייצגים את עיקרי האמונה הדתיים. בנוסף לכך, יהיו כמה הבדלים קטנים בין בניינים וסגנונות פולחן שונים. חלק מהבניינים מסורתיים יותר מאחרים, אך סביר להניח שהארכיטקטורה והקישוט של בית כנסת מודרני יהיו שונים מאלה של בית כנסת היסטורי.